Powieść skonstruowana jest jako zbiór listów napisanych przez tytułowego Wertera. Całość składa się z dwóch ksiąg, przy czym pierwsza rozpoczyna się datą 4 maja 1771. W listach Werter wspomina swoje intymne chwile spędzone w fikcyjnej wiosce Wahlheim . W Wahlheim Werter zakochuje się w Lotcie (Locie), młodej i pięknej kobiecie, która zajmuje się domem i rodzeństwem po śmierci matki. Lotta jest jednak już zaręczona z niejakim Albertem. Werter jest zrozpaczony, jednak stara się tego nie okazywać. Spędza miłe chwile z Lottą oraz Albertem zwiększając przyjaźń pomiędzy nimi. Potem jednak postanawia wyjechać z Wahlheim i rozpocząć pracę w poselstwie. Po pewnym czasie, gdy dowiaduje się, że Lotta wzięła ślub z Albertem, kończy z dotychczasową pracą i wyjeżdża do miejscowości, w której się urodził i spędził dzieciństwo. Następnie postanawia powrócić do Wahlheim, gdzie Lotta prosi go o to, aby oddalił się od niej do okresu świąt, aby nie wzbudzać podejrzeń ich o romans. Jednak na wieść o tym, że Lotta pozostała sama w domu (ponieważ Albert wyjechał), Werter przybywa do niej, aby spędzić z nią czas. W czasie ich rozmowy sam na sam nie wytrzymuje i zaczyna całować dziewczynę, na co ona reaguje ucieczką i zamknięciem się w pokoju. Werter znów odczuwa straszny ból związany z brakiem Lotty. Postanawia, że popełni samobójstwo. Wysyła posłańca po pistolet do Alberta (teraz już męża Lotty), Albert nakazuje, aby Lotta przygotowała pistolety... Kobieta, znając samobójcze zapędy Wertera, waha się, lecz postanawia wydać broń. Werter pisze list pożegnalny, w którym jednoznacznie obarcza Lottę winą za jego śmierć. Twierdzi, że to ona była jego cierpieniem i to jej zachowanie doprowadziło do samobójstwa. Werter ładuje broń i strzela w głowę. Pada na ziemię, ale aż do rana jest świadomy, później wykrwawia się na śmierć.